Nejstarší písemný údaj o Sezimově Ústí je souhlas generální kapituly dominikánského řádu se zasvěcením kostela konventu zakladateli řehole sv. Dominikovi z roku 1250.

V dubnu až červenci 1414 ve městě krátce bydlel Jan Hus. Získal zde mnoho stoupenců, ti však byli v roce 1419 z města vyhnáni. Uchýlili se do okolních lesů a 21. února 1420 na město zaútočili, dobyli je a obsadili. 30. března 1420 se ovšem rozhodli jej raději vypálit a odejít do nově založené husitské obce jménem Tábor. Rozvaliny města se od 17. století nazývaly Starý Tábor, začátkem 19. století je doložen jen mlýn se dvorem.

Ke změně došlo v roce 1826, kdy požádal Antonín Ťoupalík o povolení postavit na místě bývalého města nový dům. Žádost byla sice zamítnuta, ale o dva roky později bylo rozhodnutí změněno a bylo povoleno zahájit hromadnou výstavbu domů. Těch bylo nakonec kolem stovky a vznikla tak nová obec pod názvem Starý Tábor. V roce 1920 byla přejmenovaná opět na Sezimovo Ústí.



Další významnou událostí, která významně ovlivnila vývoj města, bylo zahájení stavby továrny na obráběcí stroje firmy Baťa. Ta v červnu 1939 začala stavět na druhé straně od železniční tratě na polnostech, patřících městu Tábor, strojírenský závod na výrobu obráběcích strojů se sídlištěm a plánovanou kapacitou pro 10 tisíc obyvatel. Podle městské kroniky Sezimova Ústí na výstavbě pracovalo 40 techniků a 500 dělníků. Koncem listopadu 1939 byla zahájena výroba ve strojírnách MAS a nastěhovali se první obyvatelé Sezimova Ústí II. S továrnou zde vyrostly také dělnické kolonie a společenské centrum nové části města Sezimovo Ústí 2. Po znárodnění koncernu Baťa v roce 1949 vznikl národní podnik Kovosvit. Nově vzniklé město s rostoucí průmyslovou výrobou se stalo cílem zejména mladých lidí a počet obyvatel tak rostl až do 90. let, kdy přišel mírný pokles. Podle starosty Martina Doležala je příčinou nízká porodnost a také věk obyvatel. „Lidé, kteří do města přišli v dobách rozvoje průmyslu, pozvolna stárnou,“ upřesnil.

I pro ně město staví dům s pečovatelskou službou, jenž vyjde na 80 milionů. Další příčinou úbytku byla dostavba Sídliště nad Lužnicí v 80. letech, kam se řada mladých lidí odstěhovala.