Území Borkovických blat tvoří severní výběžek Třeboňské pánve, označovaný jako Borkovická pánev. Zdejší rašelinu začali lidé ručně těžit v první polovině 19. století.

Začala se používat k topení a jako podestýlka do stájí. Vyrýpaným kusům rašeliny, které měly tvar cihel, se říkalo borky. Pokud nedošlo k zaplavení stoky, tak se ruční těžba prováděla do hloubky 2 až 3 metrů.

Vytěžené borky se následně nechaly usušit a následně dopravit domů. Ruční těžba měla na zdejší přírodu zanedbatelný vliv. Po zatopení stok docházelo k jejich opětovnému zarůstání vegetací a rašelinotvorný proces pokračoval dále.

S velkoplošnou těžbou se zde začalo v roce 1953. Plochy vybrané pro těžbu se nejprve odvodnily pomocí kanálů, následně odlesnily a zbavily povrchové vrstvy rašeliny. Těžba probíhala pomocí frézování, dokud se ložisko nevytěžilo.

Mezi lety 1953 až 1980 se vytěžilo přes 1 700 000 tun rašeliny na ploše větší než 400 ha. Těžba byla zastavena v roce 1980.